Conquistado Badajoz del poder sarraceno por el rey Alfonso IX, el 19 de Marzo de 1230, es nombrado un Obispo en ese mismo año para estas cristiandades. El elegido fue Fray Pedro Pérez, el cual, entre sus preferencias están en reorganizar la diócesis convocando un Sínodo y la construcción de una nueva Catedral. Como en el recinto amurallado no había suficiente espacio, se decide construir en una llanura al suroeste, en el campo de san Juan, en donde ya había una ermita, a la que acudían los mozárabes, antes de la Reconquista.
Desde el principio, la nueva Catedral fue dedicada a san Juan Bautista, como protector. Su escudo es el Cordero, símbolo del Bautista.
El verdadero impulso para realizar la obra se lo dio el rey Alfonso X, el Sabio, con generosas donaciones, hasta tal punto que en el año 1274 ya estaba hecha la Capilla Mayor, con las tres naves de la cabecera y el crucero. Es consagrada en 1276 y comienzan a celebrarse los Oficios Divinos.
La construcción de la fábrica no se completa hasta el siglo XV, debido a las guerras con los Portugueses. Badajoz fue siempre una plaza fuerte defensora de los invasores que venían de Portugal y sufría constantemente ataques de las tropas, de los que no se libraba el nuevo templo. Los derribos y la falta de medios hacían retardar la obra.
A principios del siglo XVI se hacen casi todas las Capillas que le acompañan, el nuevo Claustro, la torre y, a mediados, la Sillería de Coro.
En el siglo XVII, se le hacen reformas en su interior para dignificar la Iglesia Catedral.
